Laboratoire Microbiologie, Santé et Environnement (LMSE)

Nous participons de manière dynamique aux activités de recherche visant :

• à surveiller et à identifier certains agents infectieux et à suivre leur transmission, afin évaluer les caractéristiques 'épidémiologiques des principales maladies infectieuses transmises entre humains, ou propagées par les animaux et par les aliments et l’eau contaminés. Cela consiste à isoler et à identifier les souches microbiennes responsables de ces maladies pour mieux connaître leurs modes de transmission et de dissémination.
• à établir des diagnostics fiables de la tuberculose, à analyser la dynamique de la transmission de cette maladie, à prévoir les liens épidémiologiques entre les cas et à déterminer les profils de sensibilité anti-mycobactérienne des souches prélevées chez les nationaux libanais, les réfugiés et les migrants.
• à détecter et caractériser les mécanismes de résistance aux antibiotiques des souches bactériennes cliniques et non cliniques.
• à découvrir les composés de substitution et les antibiotiques pouvant servir à contrôler les bactéries sur le plan médical et alimentaire. Ces composés peuvent être les peptides extraits de souches bactériennes, les composés dérivés de plantes aromatiques ou de certaines bactéries bénéfiques, les probiotiques, qui viennent combattre d’autres espèces microbiennes et traiter certaines maladies chroniques.
• à évaluer le statut immunitaire des populations libanaises et des réfugiées vis-à-vis de différentes maladies infectieuses et à caractériser les mécanismes de l'action entre le système immunitaire et certains micro-organismes ayant une importance sur le plan médicale.
• à identifier et à caractériser de nouvelles espèces bactériennes, jusque-là non identifiées, par des outils innovateurs courants. (ex. MALDI-TOF).

Thèmes de recherche

Les chercheurs du LMSE sont à la pointe des axes de recherche suivants :

• Tuberculose (renforcement des capacités nationales de surveillance, étude de la dynamique de la transmission de la maladie et détection de l’émergence potentielle de souches de MDR et de XDR)
• Resistance antibiotique (épidémiologie moléculaire des bactéries résistantes chez l’homme, les animaux, et dans l’environnement et les produits alimentaires)
• Probiotiques et peptides antimicrobiens (sélection et évaluation de souches actives, purification des métabolites actifs, probiotiques et leur potentiel médical et applications alimentaires)
• Immunité et infections (évaluation du statut immunitaire de la population contre les maladies infectieuses, caractérisation des interactions hôte / agent pathogénique)
• Maladies parasitaires (surveillance et obtention de meilleures connaissances de l’épidémiologie, la transmission, la physiopathologie et la diversité génétique des parasites d’importance médicale)
• Génotypage (étude sur les structures des populations microbiennes, prévision des liens épidémiologiques et la surveillance de la transmission de souches pathogéniques et virulentes)
• Bio-informatique appliquée en microbiologie (la systématique et la classification des bactéries, la biosurveillance, l'épidémiologie des maladies infectieuses et la création de bases de données actualisées en microbiologie)
• Substances naturelles bioactives (extraction d'huiles essentielles récemment découvertes, caractérisation de différentes molécules bioactives, applications dans les secteurs médical et alimentaire)

Résultats obtenus

• Identification et isolement des 3 premiers cas de tuberculose-XDR détectés au Liban, réalisés dans le cadre d’une récente étude nationale en collaboration avec des partenaires libanais, français et internationaux (à paraître dans la revue EID Journal).
• Surveillance en continue de la résistance aux antimicrobiens montrant, parmi les isolats bactériens cliniques et non cliniques, des taux de résistance élevés à la plupart des antibiotiques, en particulier aux bêta-lactames, aux fluoroquinolones et aux tétracyclines.
• Premiers travaux indiquant une résistance à la colistine à médiation plasmidique chez les hommes libanais, en collaboration avec l’ANSES Lyon (en cours).
• Première étude sur les profils de sensibilité aux antifongiques des souches cliniques d’Aspergillus, montrant des niveaux élevés de résistance à l’amphotéricine B et aux triazoles.
• Isolement d’Aeromonas potentiellement pathogénique, ayant des phénotypes multirésistants et provenant de différents échantillons d'eau au Liban, dont certains prélevés dans des puits d'eau potable.
• Identification de Vibrio potentiellement pathogéniques et multirésistants, prélevés sur des poissons frais ou provenant d'un élevage et destinés à la consommation humaine.
• Création de la base de données “LABiocin”, spécialement conçue pour l'étude des bactériocines de bactéries lactiques.
• Caractérisation de souches probiotiques ayant un effet inflammatoire dans le modèle murin par le biais de certains mécanismes, notamment celui du renforcement de la barrière intestinale.
• Découverte d'un rapport inédit entre une nouvelle souche probiotique au Liban et l’autophagie dans le cas d'une inflammation chronique : application possible dans la maladie de Crohn.
• En collaboration avec la Liverpool School of Tropical Medicine, nous avons évalué la situation actuelle de la leishmaniose cutanée chez les réfugiés syriens au Liban.
• Etude sur la diversité génétique, la prévalence de l’infection et la transmission zoonotique potentielle de Campylobacter et de Blastocystis dans les secteurs de la volaille et des bovidés au Liban, en collaboration avec l’OMS, l’ANSES Ploufragan et l’Institut Pasteur de Lille. France.
• Identification d’une huile essentielle présentant d’importants effets antimicrobiens sur différents champignons et bactéries, comprenant aussi des souches pharmaco-résistantes.
• Démonstration du niveau modeste de protection conférée par le système immunitaire chez les femmes enceintes libanaises contre les maladies évitables par la vaccination, notamment la coqueluche et le tétanos.

Link with the GABRIEL network

Le LMSE a été un des premiers acteurs du projet PEARL (Etiologie des pneumonies chez les réfugiés et la population libanaise) mené au Liban de novembre 2016 à mars 2018 avec le soutien du réseau Gabriel. Actuellement, le laboratoire participe à l'étude «HINTT», un projet multicentrique visant à évaluer le nouvel outil de diagnostic immunologique de la tuberculose, le HBHA-IGRA, et à identifier des biomarqueurs pouvant servir à mesurer l'efficacité du traitement de la tuberculose.