Le LMSE collabore avec les organismes suivants :
- Organisation mondiale de la Santé (OMS)
- Fondation Mérieux
- Réseau GABRIEL
- Institut Pasteur de Lille
- INRA Villeneuve d'Ascq
- Liverpool School of Tropical Medicine
- Institut Pasteur de Paris
- ANSES (Lyon, Ploufragan)
- Unité de recherche « Microbes Évolution Phylogénie et Infections » (MEPHI), France
- Laboratoires du centre de contrôle qualité, Chambre de Commerce, de l'Industrie et de l'Agriculture de Tripoli, Liban
Hôpitaux et autres établissements qui fournissent des échantillons cliniques :
- Programme national de lutte contre la tuberculose et centres associés
- Hôpital Al Nini
- Centre hospitalier Al Youssef
- Hôpital gouvernemental de Tripoli
- Hôpital général de Makassed
- Hôpital Dar Al-Shifa
- Centre médical Al Hamidi
- Centre médical de Tripoli
- Centre médical Al Bachaer