Des accords de partenariats et de collaborations ont été créés avec les organismes de recherche suivants :
- la Faculté de Médecine
- la Faculté des Sciences
- l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM)
- le Centre de Recherche et de Veille sur des Maladies Emergentes dans l’Océan Indien (CRVOI)
- le Centre de Coopération internationale en Recherche agronomique pour le Développement (Cirad)
- le Programme national de Lutte contre le Paludisme (PNLP – Ministère de la Santé)
ainsi qu’avec les hôpitaux et les autres établissements qui effectuent des prélèvements d’échantillons cliniques. Le LRM fait partie intégrante de la Faculté de Médecine. Le CHU d’Antananarivo est relié à 10 établissements, où sont effectués les prélèvements d'échantillons cliniques, dont des hôpitaux régionaux et des centres médicaux en milieu rural.