Le groupe de recherche sur la tuberculose s'engage dans de multiples projets concernant le contrôle de la tuberculose dans les bidonvilles, le dépistage et la surveillance de la tuberculose pulmonaire en milieu carcéral, la surveillance de la TB-MR et de la TB-XDR, le diagnostic de la tuberculose infantile, le dépistage et la gestion des cas de tuberculose en zone urbaine par le développement d’un modèle d’entreprise sociale, la mise en application de GeneXpert, le développement et l’évaluation d’outils rapides de dépistage de la résistance aux antituberculeux, l'étude de la métagénomique de la flore pulmonaire chez les patients tuberculeux, la technique Xpert ultra dosage utilisant les échantillons de selles pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire chez les enfants, l'évaluation du OMNIgene Sputum en tant que stabilisateur des expectorations, détection de biomarqueurs du diagnostic et la surveillance du traitement antituberculeux, etc. Les 25 membres du laboratoire effectuent chaque année plus de 6 500 tests de dépistage de la tuberculose et 1 500 tests de sensibilité aux médicaments.
En collaboration avec la Fondation Mérieux, nous évaluons actuellement le dosage QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) et en complémentarité le test de l’hémagglutinine liée à l’héparine (HBHA), afin de surveiller l’efficacité du traitement antituberculeux. Nous étudions également l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose, afin de comprendre la dynamique de transmission de la tuberculose à la fois pharmaco-sensible et pharmaco-résistante chez les détenus en mettant en œuvre une approche automatisée à haut débit MIRU-VNTR, le spoligotypage et le séquençage du génome entier.
Compétences
Quant aux projets de recherche en cours, nous utilisons différentes approches technologiques, dont la culture rapide par le système automatisé BACTEC-MGIT-960, la culture conventionnelle sur lames Lowenstein Jensen (LJ), des tests de sensibilité par la méthode de proportion LJ, BACTEC M GIT 960 SIRE, le test Xpert MTB / RIF, le test GenoType MTBDRplus et MTBDRsl, le test TREK Sensititre MYCOTB, le test mycobactériophage D29 rapide par analyse qPCR, et le test microfluidique TaqMan. Nous effectuons également le diagnostic par PCR et l'analyse des délétions pour l’identification des espèces de Mycobacterium, le spoligotypage, le typage MIRU-VNTR, l’analyse du génome entier pour le génotypage et l’analyse de la transmission de la tuberculose, des tests de diagnostic immunologique rapides de la tuberculose pulmonaire, le diagnostic de laboratoire de la tuberculose pédiatrique, le dépistage de la tuberculose latente par QuantiFERON -TB Gold Plus et le test T-SPOT TB, etc.
Résultats
Test Xpert Ultra sur échantillons de selles pour le diagnostic de la tuberculose chez les enfants
Les résultats obtenus de Xpert Ultra pour le diagnostic de la tuberculose infantile ont été évalués en utilisant les échantillons de selles plutôt que pulmonaires. L'étude révéle que Xpert Ultra appliqué sur un échantillon de selles possède une meilleure sensibilité et un meilleur rendement par rapport à Xpert pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire chez les enfants.
Évaluation de QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) et de l’hémagglutinine liée à l’héparine (HBHA) pour la surveillance du traitement antituberculeux
Pour cette étude, nous avons recruté et suivi des patients atteints de tuberculose multirésistante (TB-MDR) et non résistante. Nous avons recueilli des échantillons sanguins et des crachats de chacun des patients à différents moments. Les données préliminaires des tests QFT-P et HBHA démontrent que ce dernier pourrait servir comme biomarqueur à base de sang pour le suivi de l’efficacité du traitement antituberculeux.
Définition du rôle de la concentration sérique des médicaments pour évaluer le résultat du traitement de la TB-MR
Nous examinons le résultat de traitement contre les formes sévères de la tuberculose chez des patients en mesurant la concentration sérique des médicaments à différents moments au cours du traitement. Le recrutement et le suivi des patients d'un établissement de santé viennent de prendre fin.
Contrôle de la transmission de la tuberculose au sein de la plus grande prison du Bangladesh
Depuis 2005, nous menons plusieurs études à la prison centrale de Dhaka, le plus grand pénitencier du Bangladesh. Au cours des deux premières années de cette étude, nous avons démontré, par typage MIRU, la présence de plusieurs clusters. Grâce au dépistage actif au sein de la prison et à son point d’entrée, la transmission de la tuberculose dans cet espace clos a considérablement diminué, comme en témoigne la diminution du nombre de clusters identifiés dans les échantillons biologiques au cours des deux dernières années.
Surveillance de la tuberculose pharmaco-résistante au Bangladesh
Les données préliminaires de notre surveillance révèlent que 3% des cas de tuberculose primaire sont multirésistants (MDR) et plus de 13% des récidives sont multirésistantes.
Discordance entre les techniques de DST de deuxième ligne
Nous avons évalué 87 isolats de Mycobacterium tuberculosis pour comparer des résultats de sensibilité à travers six techniques : l'essai de proportion LJ, MGIT 960 SIRE AST, Gene / Xpert MTB / RIF, GenoType MTBDRplus technologie d’hybridation inverse de sondes moléculaires en ligne, plaque MycoTB MIC et un outil basé sur la PCR quantitative des mycobactériophages (qPCR). La plupart des isolats (80%) étaient multirésistants. Quant à l’isoniazide (INH), nous avons détecté une concordance complète entre toutes les techniques ci-dessus utilisées pour déterminer la sensibilité ou la résistance aux médicaments dans 82% des isolats, alors que pour la rifampicine (RIF), l’éthambutol (EMB) et la streptomycine (STR), une telle concordance complète a été observée dans 77%, 50% et 51% des isolats, respectivement (P <0,05 pour INH ou RIF versus EMB ou STR).
Les écarts entre EMB et STR proviennent majoritairement de la concordance réduite des résultats de MGIT EMB (plage de coefficients kappa, 0,26 à 0,30) et du résultat LJ STR (coefficient kappa de 0,35 à 0,45) par rapport à d’autres méthodes. La qPCR et la plaque MycoTB MIC étaient les seules techniques indiquant des susceptibilités de deuxième ligne et ont révélé des corrélations quantitatives significatives pour tous les médicaments, sauf la cyclosérine, ainsi que des coefficients kappa allant de modérés à excellents pour tous les médicaments sauf les acides para-aminosalicyliques. En résumé, les résultats des tests de sensibilité à M. tuberculosis diffèrent selon la plateforme et le médicament. Les laboratoires doivent examiner attentivement ces données avant de sélectionner une technique, en particulier dans les contextes où les résultats d’EMB et de STR sont cliniquement importants.
Épidémiologie moléculaire de la tuberculose en milieu rural au Bangladesh
Les études épidémiologiques utilisant une combinaison de techniques conventionnelles et moléculaires ont été réalisées sur la population rurale et urbaine du Bangladesh. Une analyse des délétions, un spoligotypage et typage par tandems et unités répétitives mycobactériennes (VNTR-MIRU) ont été utilisés. Dans ces deux études (effectuées au Matlab rural et Mymensingh périurbain), la lignée EAI était la plus répandue (27,04% et 25%, respectivement) et le génotype de Bejing venait en second (7,38% et 16%, respectivement).
Dans une autre étude, menée dans l’hôpital de référence tertiaire pour la tuberculose, le génotype de Beijing était le plus prédominant (19%). L'analyse des délétions a également démontré qu’environ 65% des isolats sont ancestraux (TbD1 intact), les 35% restants étant de type moderne (TbD1 supprimé) dans les zones rurales, tandis que dans les zones urbaines, 69% sont modernes et 31% sont de type ancestral. Les autres génotypes sont T1, CAS, LAM, MANU, etc. et se trouvent également au Bangladesh. Le taux de transmission récente a été estimé d'être entre 6,5% et 31% selon les différentes études et les résultats indiquent qu’au Bangladesh, la tuberculose est causée principalement par la réactivation d’une infection latente plutôt que par une réinfection.