Biologie moléculaire de Trypanosoma cruzi (En cours depuis 1992)
- Variation génotypique des lignées de Trypanosoma cruzi décelées dans les déjections de Triatoma infestans capturés dans des zones rurales mises sous surveillance entomologique : Les lignées de T.cruzi I et T. cruzi II sont systématiquement décelés dans les déjections de triatomines, capturés dans les zones rurales mises sous surveillance. Elles sont évaluées afin de déterminer l'éventuel introduction de souches selvatiques de T. cruzi et leur rôle éventuel dans la pathogenèse de la maladie de Chagas.
- La maladie de Chagas congénitale : Le dépistage systématique et la gestion médicale de la maladie de Chagas congénitale se sont améliorés grâce au développement de nouveaux outils de biologie moléculaire. Une comparaison basée entre plusieurs techniques de diagnostic a permis de conclure que la réaction en chaine polymérase (PCR) possède une sensibilité comparable à celle de la sérologie classique. De plus, la protéine Shed Acute Phase Antigen (SAPA), lorsqu'elle est introduite dans un système ELISA, fournit un diagnostic sans équivoque de la maladie de Chagas congénitale, ce qui permet d’identifier les enfants infectés par T. cruzi non détectés par la sérologie classique. Cette technique est actuellement utilisée par les petits centres médicaux de la Santé Publique. De plus, les lignées de T. cruzi I et II ont été décelées dans les prélèvements sanguins de nouveau-nés infectés congénitalement.
Epidémiologie moléculaire, la caractérisation génétique et le développement de rotavirus et d'autres virus entériques (En cours depuis 1998)
- L’épidémiologie moléculaire de rotavirus : des prélèvements sur adultes et enfants âgés de moins de cinq ans ont été analysés par les méthodes PAGE et RT-PCR afin de définir le génotypage et le séquençage des nucléotides. Depuis 1998, on observe des pics saisonniers (de juillet à septembre) chez les enfants, tandis que chez les adultes, les niveaux demeurent constants durant toute l’année. En outre, le génotype le plus répandu peut varier selon les saisons, et les résultats préliminaires suggèrent que les adultes pourraient constituer la souche d'origine de la variabilité du génotype rencontrée chez les enfants. Des travaux complémentaires ont révélé une forte incidence de souches possédant des génotypes qui n’existe pas dans les vaccins antirotaviraux.
- L’évolution moléculaire de rotavirus ;: les données de séquençage ont été utilisées à partir de souches déjà présentes au Paraguay ou de séquençages provenant de banques de gènes. Par analyse informatique, des recombinaisons intragéniques ont été retrouvées (en Argentine) entre deux sous-lignées du génotype G4, ainsi que l’implication de mutations ponctuelles et de réassortiments parmi différents gènes (tels que VP4, VP7 et NSP4), ce qui explique la diversité génétique des rotavirus présents au Paraguay. L’identification de génotypes émergents non typiques de ce virus est en cours d’étude.
- Identification de l’agent étiologique de la gastroentérite virale : il existe une large documentation sur l’incidence et l’épidémiologie des rotavirus présent au Paraguay. Cependant, dans plus de 60% des cas, l’étiologie de la diarrhée aiguë reste toujours inconnue. L’objectif du projet est de déterminer la fréquence de norovirus, astrovirus et adénovirus entérique dans les selles des malades atteints de diarrhée aiguë, afin de pouvoir combler les lacunes au niveau du diagnostic et obtenir une vision plus globale de la charge de la gastroentérite aiguë virale.
Le diagnostic moléculaire et l’épidémiologie de la leishmaniose (En cours depuis 2002)
Au Paraguay, la leishmaniose tégumentaire est une maladie très répandue dans les zones rurales. Les lésions non traitées se développent en forme muqueuse, à la suite de métastases de parasites présents dans des lésions cutanées d'origine infectées principalement par Leishmania (V.) braziliensis. La leishmaniose viscérale est hyperendémique chez le chien et elle représente actuellement un problème sanitaire croissant pour l’être humain, car la maladie est également transmise par Leishmania chagasi en Amérique. Au laboratoire, la caractérisation moléculaire de Leishmania sp est réalisée en utilisant des outils moléculaires, et plus particulièrement, par la PCR. Des prélèvements biologiques et les isolats sont analysés avec PCR-RFLP par l’amplification de plusieurs gènes : Hsp70, Mini exon, ITS1 pour permettre l’identification des espèces et pour déterminer la variation intragénique entre les parasites. L’identification des espèces pourrait améliorer le pronostic de la maladie, ainsi que la gestion des patients, et pourrait ainsi bloquer le développement de la forme muqueuse de la maladie dans les cas tégumentaires. L’identification des réservoirs selvatiques de la leishmaniose tégumentaire et de ses vecteurs, telle la mouche des sables, est actuellement en cours d’investigation.
L’épidémiologie moléculaire de la tuberculose (En cours depuis 2002)
La recherche concerne principalement le diagnostic et l’épidémiologie moléculaire d’isolats de Mycobacterium tuberculosis, ainsi que l’identification de souches résistantes et de mycobactéries atypiques.
La mise en place outils moléculaires ont permis d’étendre nos connaissances sur la transmission de la tuberculose humaine et sur les conditions qui favorisent la propagation de la maladie. L’objectif principal est d’appréhender la diversité génétique et les clusters des souches de M. tuberculosis présentes au Paraguay. Le logiciel BioNumerics (Applied Maths, Belgique) constitue le support de l’analyse informatique des caractéristiques de RFLP. Les techniques suivantes ont été utilisées : DRE-PCR, Spolygotyping, MIRU, SSCP pour la résistance et PRA pour l’identification des mycobactéries atypiques.
La caractérisation des mécanismes de la résistance aux antibiotiques (En cours depuis 2007)
En 2007, le Département de Bactériologie Moléculaire a créé le premier réseau scientifique portant sur la caractérisation génétique des souches résistantes aux antibiotiques et présentes au Paraguay. Ce réseau réunit les laboratoires de l’Hôpital Centrale de la Santé Publique (IPS) et de la Faculté de Médecine Clinique. Son premier objectif est réunir un groupe de laboratoires en microbiologie qui peuvent collaborer, afin d’appliquer les techniques moléculaires permettant l’identification des gènes de la résistance aux antibiotiques au Paraguay et de mieux comprendre les raisons épidémiologiques de leur propagation.
Projets en cours
- La prévalence de Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, et d’autres pathogènes bactériens chez les patients atteints de pneumonie extrahospitalière et soignés à l’Hôpital des Maladies Respiratoires (INERAM) Juan Max Boettner
- La caractérisation phénotypique et génotypique de β-lactamases à spectre étendus (ESBL) dans les isolats cliniques d’Enterobacteriaceae retrouvés dans les Hôpitaux Publics d'Asunción
- Détection et caractérisation de β-lactamases (ESBL) et de Metalo β-Lactamases (MBL) chez Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter sp
- Caractérisation phénotypique et génotypique de Staphylococcus aureus isolés d’échantillons prélevés sur des professionnels de la santé à Asunción